《办法》明确，自治区人民政府设立新疆维吾尔自治区科学技术奖。自治区行政区域内其他各级行政机关以及参照《中华人民共和国公务员法》管理的机关或者单位，均不得设立科学技术奖。
《办法》鼓励社会力量在自治区设立科学技术奖。社会力量设立科学技术奖的，应当坚持公益化、非营利性原则，目标定位准确、专业特色鲜明、严格自律管理。在奖励活动中不得收取任何费用。
《办法》明确，自治区人民政府设立自治区科学技术奖励委员会，负责审核自治区科学技术奖励年度工作方案和评审结果，协调解决相关重大问题。
自治区科学技术奖励委员会组成人员人选由自治区人民政府科学技术行政部门提出，报自治区人民政府批准。
自治区科学技术奖励委员会聘请有关方面的专家、学者和管理人员成立自治区科学技术奖励评审委员会和自治区科学技术奖励监督委员会，负责自治区科学技术奖的评审和监督工作。
《办法》明确，自治区科学技术奖包括：
（一）自治区最高科学技术奖；（二）自治区突出贡献奖；（三）自治区自然科学奖；（四）自治区技术发明奖；（五）自治区科学技术进步奖。
《办法》明确，自治区最高科学技术奖授予符合下列条件之一的公民：
（一）在科学技术发展中有卓越建树或者在当代科学技术前沿取得重大突破，为国内外同行所公认的；
（二）在科学技术创新、科学技术成果转化和高新技术产业化中，创造巨大经济效益、社会效益或者生态环境效益的。
自治区突出贡献奖授予符合下列条件之一的公民：
（一）在科学研究中积极探索，为推动相关学科发展做出突出贡献的；
（二）获得多项发明专利，在转化过程中经济效益、社会效益、生态效益显著的；
（三）在基层从事技术推广、技术服务工作十年以上，做出突出贡献的。
自治区自然科学奖授予在基础研究和应用基础研究中对阐明自然现象、特征和规律取得重大科学发现的个人。
前款所称重大科学发现，应当具备下列条件：
（一）前人尚未发现或者尚未阐明；
（二）具有重要科学价值；
（三）得到国内外自然科学界公认。
自治区技术发明奖授予运用科学技术知识做出产品、工艺、材料、器件及其系统等重大技术发明的个人。
前款所称重大技术发明，应当具备下列条件：
（一）前人尚未发明或者尚未公开；
（二）具有先进性、创造性、实用性；
（三）经实施，创造显著经济效益、社会效益或者生态环境效益，且具有良好的应用前景。
自治区科学技术进步奖授予完成和应用推广创新性科学技术成果，为推动科学技术进步和经济社会发展做出突出贡献的个人、组织。
前款所称创新性科学技术成果，应当具备下列条件：
（一）技术创新性突出，技术经济指标先进；
（二）经应用推广，创造显著经济效益、社会效益、生态环境效益；
（三）在推动行业科学技术进步等方面有重大贡献。
自治区最高科学技术奖和自治区突出贡献奖每两年评审一次，不分奖励等级。自治区最高科学技术奖每次授予人数不超过2名，自治区突出贡献奖每次授予人数不超过5名，均可以空缺。
自治区自然科学奖、自治区技术发明奖、自治区科学技术进步奖每年评审一次，分为一等奖、二等奖、三等奖，授奖成果总数不超过150项。其中一等奖不超过30项、二等奖不超过55项、三等奖不超过65项。
《办法》明确，自治区最高科学技术奖报请自治区主席签署，颁发证书和奖金。自治区突出贡献奖、自治区自然科学奖、自治区技术发明奖和自治区科学技术进步奖由自治区人民政府颁发证书和奖金。
自治区最高科学技术奖、自治区突出贡献奖、自治区自然科学奖、自治区技术发明奖和自治区科学技术进步奖的奖金由获奖者个人享有，并依法免纳个人所得税。
自治区科学技术奖各奖项的奖金额度，结合自治区经济社会发展状况适时调整，具体金额由自治区人民政府科学技术行政部门会同财政部门提出方案，报自治区人民政府批准后组织实施。
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